电子束焊接是自动进行的，工件应准确装夹和对中。电子束焊接所用的夹具与电弧焊所用的夹具结构和性能类似。但其定位和传动精度要高一些，其刚性可以弱一些。为了防止穿透焊时电子束对零件和夹具的损坏，应在接缝背面放置铜垫块。接头附近的夹具和工作台的零部件最好使用非磁性材料来制造，以防磁场对电子束的干扰。

磁性材料的工件经过磁粉检验或在电磁吸盘上进行磨削加工或电化学加工后，会存留剩磁。允许的剩磁强度为(0.5~4)×10—4A/m。当工件上剩磁强度过大时应进行退磁处理。退磁的方法是将工件从工频感应磁场缓慢地移出或者将此感应磁场强度逐渐降低到零。

工件、夹具和工作台应保持良好的电接触，不允许在其间垫绝缘材料。夹具和实验台的结构应有利于抽真空，尽量避免狭长的缝隙和空间大，但抽气口小的所谓气袋结构。